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오늘은
관리자..
2013. 6. 26. 22:02
어제 게으름 피워서 오늘은 새벽에 일어나자 마자 일 시작. 새로 8일 간격 자료를 가지고 똑같은 결과를 만들어야 한다 일단. 그리고 그림 수정시작하고, 새로 던져진 질문 대답 써야 한다.. 어젠 팀이랑 증발산 잠깐 의논하고, 자료 보내고 했다. 곁다리로 제로 인플레이팅 모델-포아송-네가티브 비노미얼 언제 어떻게 써야 하는지 화상으로 잠깐 얘기 함. 이게 간단하게 생각하면 아주 간단하다.. 오버 디스퍼전 생각 해서 자료의 성격이 뭔지 파악하고 오버 디스퍼전 있냐 없냐 기준으로 판단하면 됨. 간단히 말하면 포아송 회귀는 모수가 한 개고 네가티브 비노미얼은 모수가 두 개다. 더 유연하고, 대신 정보가 흩어지고. 증발산에선 이파리의 증산을 보통 직접 모델하지 않고 큰 규모로 할 때는 캐노피 증발산이나 아니면 뭉뚱그려도 패치 증발산을 보는데, 이걸 뭐 빅 리프 어프로치라고 보통 한다. 내가 싫어하는 스타일 연구.. 원래 지도교수가 이것으로 몇 십 년 했던 사람이라 결국 거기서 많이 데였다. 아무리 얘기해도 문제점을 보지 않으셔서 결국 나도 포기함.. 그런게 참 힘들었다.
여튼 빅 리프라고 다 문제 있는 건 아니고, 잘 하면 되는데 어떻게 잘 할 거냐 의논. 보통 나무 하나에서 어떻게 되나 모델한 다음에 그걸 LAI로 곱해버린다. 광릉으로 치면 광릉에 이파리가 한 장 있다고 하고, 그게 모든 나무의 모든 이파리의 평균적인 특성을 가지되 크기는 모든 이파리를 다 합친 것 만큼 크다고 보는 거지.. 이런 접근으로 캐노피 컨덕턴스나 서피스 컨덕턴스란 개념을 가져온다. 평균인 개념이지 뭐. 그리고 평균인 개념을 쓰는 연구에 대한 모든 비판의 화살을 빅 리프에 돌릴 수 있다.
여튼; 팀 연구에선 평균인 개념 써도 무방한 수준의 정밀도로 증발산을 모형하기 때문에 괜찮다고 보고, 모디스에서 쓰는 증발산 식 요약해서 보내줬다. 기공 전도도란 게 중요한데, 기공이 얼마나 열렸냐.. 를 보는 거다. 이파리 크기는 안다 치고, 그럼 이파리가 얼마나 열렸을까요? 기공 전도도로 모델을 한다.. 이파리가 커 뒷면 기공이 닫히면 증산이 없고, 기공이 열리면 증산이 최대치까지 된다는 것에 기반. 이것을 캐노피로 올린 게 캐노피 컨덕턴스. 토양 호흡까지 여기 다 때려넣으면 서피스 컨덕턴스가 된다. 비교적 LAI는 쉽게 재거나 추정 할 수 있기 때문에 컨덕턴스만 구하면 거기에 LAI를 곱해서 적당히 캐노피나 패치 수준에서 증발산을 모형함. 뭐 수 십 년 째 해 온 얘기지만..
여튼 이걸 원격 영상으로 요샌 많이 한다. 요새라고 하기도 좀 민망한게 한 1990년 대 후반 부터 해 온 거라. 보통 2000년대 부터 자료가 쏟아져서 논문도 많다.
이제 이런 뭔가 mediocre 한 거 하다가.. (나는 이런 쪽엔 정말 뭔가 이상하게 꼬였다 심사가.. ) 오늘은 엄청 팬시 오브 팬시, 보그너 박사 해빌리테이션 강의 듣고 옴. 같이 진행하는 bMDS랑 smote가 나름 해빌리테이션의 중심이었다. 이게 테뉴어 트랙을 주는 건 아니고, 테자시 쯤 되는 절찬데, 대충 해빌리테이션 하면 빠르든 늦든 교수가 된다고 보는 것 같다.. 여튼 염료로 토양에 침투 실험해서 사진촬열을 하는데, 그 촬영한 사진을 어떻게 분석할 것인가? 바이너리 이미지로 만든 다음에 어찌 저찌 한다는 내용. 일반적으로 바이너리 이미지로 안 만들고 뭔가 색깔의 짙음도 고려하고 하면 더 좋을 것 같은데, 뭐 여러가지로 방어했음. 나도 몇 가지 질문이 있었는데 강의와 질의 응답이 전부 독어로 진행 돼서 사실 따라가기도 정신 없었다;;; 대충 내 의문은 - 사실 이 연구 발표는 여러 번 본 거라 새삼스러운 건 아니지만 - 브릴리언트 블루 착색을 yz축만 놓고 분석하는데 사실 이거 x축으로도 봐야 하는 거 아닌가, 그런데 이건 사실 사진을 찍을 때 그럼 단면을 여러 번 잘라서 여러 번 촬영해야 하는데 개노가다기 때문에 어쩔 수 없는 부분이 있다. 그래도 두 세 번은 잘라서 평균 내야 하는 거 아닌가 하는 생각은 듬.. 아니면 사진을 찍지 않고 어떻게 염료의 수직 분포를 감지할 수 있는 센서를 이용해서 3차원 영상을 만들거나.. 사실 그렇게 할 재주가 있으면 염료 필요 없고 그냥 수분 분포만 봐도 되겠으니까 전혀 도움 안되는 얘기긴 함;;
여튼 그 뒤에 꼭지에선 bMDS를 좀 더 깊게 설명했고, 뒤에 후베 교수랑 디스커션 한 건 솔직히 거의 못 알아들어서.. 뭐 대충 소일 피직스 자체로 이 연구가 의의가 있냐 그런 얘기였던 듯..
뭐 대충 오늘의 교양은 그 정도. 어제는 도도새 관련 공진화 연구 주제가 에코랩에 떠서 읽고 쓰고 재밌었다. 간단히 아래에 소개
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제가 지금 연구실이 아니라 관련된 글만 좀 봤는데 무척 재밌네요!
논문에선 씨앗이 소화 되는 중에 seed-coat dormancy를 적당히 조절했다고 볼 수 있냐를 조류 체중이랑 모래 주머니에서 가해지는 힘에 대한 경험식 등 이용해서 여러가지 추리를 하고 있고요 (도도는 1681년 멸종했다고 합니다). 도도 정도 몸 크기의 새가 아니면 어렵지 않겠냐는 결론을 끌어냄.
여튼 빅 리프라고 다 문제 있는 건 아니고, 잘 하면 되는데 어떻게 잘 할 거냐 의논. 보통 나무 하나에서 어떻게 되나 모델한 다음에 그걸 LAI로 곱해버린다. 광릉으로 치면 광릉에 이파리가 한 장 있다고 하고, 그게 모든 나무의 모든 이파리의 평균적인 특성을 가지되 크기는 모든 이파리를 다 합친 것 만큼 크다고 보는 거지.. 이런 접근으로 캐노피 컨덕턴스나 서피스 컨덕턴스란 개념을 가져온다. 평균인 개념이지 뭐. 그리고 평균인 개념을 쓰는 연구에 대한 모든 비판의 화살을 빅 리프에 돌릴 수 있다.
여튼; 팀 연구에선 평균인 개념 써도 무방한 수준의 정밀도로 증발산을 모형하기 때문에 괜찮다고 보고, 모디스에서 쓰는 증발산 식 요약해서 보내줬다. 기공 전도도란 게 중요한데, 기공이 얼마나 열렸냐.. 를 보는 거다. 이파리 크기는 안다 치고, 그럼 이파리가 얼마나 열렸을까요? 기공 전도도로 모델을 한다.. 이파리가 커 뒷면 기공이 닫히면 증산이 없고, 기공이 열리면 증산이 최대치까지 된다는 것에 기반. 이것을 캐노피로 올린 게 캐노피 컨덕턴스. 토양 호흡까지 여기 다 때려넣으면 서피스 컨덕턴스가 된다. 비교적 LAI는 쉽게 재거나 추정 할 수 있기 때문에 컨덕턴스만 구하면 거기에 LAI를 곱해서 적당히 캐노피나 패치 수준에서 증발산을 모형함. 뭐 수 십 년 째 해 온 얘기지만..
여튼 이걸 원격 영상으로 요샌 많이 한다. 요새라고 하기도 좀 민망한게 한 1990년 대 후반 부터 해 온 거라. 보통 2000년대 부터 자료가 쏟아져서 논문도 많다.
이제 이런 뭔가 mediocre 한 거 하다가.. (나는 이런 쪽엔 정말 뭔가 이상하게 꼬였다 심사가.. ) 오늘은 엄청 팬시 오브 팬시, 보그너 박사 해빌리테이션 강의 듣고 옴. 같이 진행하는 bMDS랑 smote가 나름 해빌리테이션의 중심이었다. 이게 테뉴어 트랙을 주는 건 아니고, 테자시 쯤 되는 절찬데, 대충 해빌리테이션 하면 빠르든 늦든 교수가 된다고 보는 것 같다.. 여튼 염료로 토양에 침투 실험해서 사진촬열을 하는데, 그 촬영한 사진을 어떻게 분석할 것인가? 바이너리 이미지로 만든 다음에 어찌 저찌 한다는 내용. 일반적으로 바이너리 이미지로 안 만들고 뭔가 색깔의 짙음도 고려하고 하면 더 좋을 것 같은데, 뭐 여러가지로 방어했음. 나도 몇 가지 질문이 있었는데 강의와 질의 응답이 전부 독어로 진행 돼서 사실 따라가기도 정신 없었다;;; 대충 내 의문은 - 사실 이 연구 발표는 여러 번 본 거라 새삼스러운 건 아니지만 - 브릴리언트 블루 착색을 yz축만 놓고 분석하는데 사실 이거 x축으로도 봐야 하는 거 아닌가, 그런데 이건 사실 사진을 찍을 때 그럼 단면을 여러 번 잘라서 여러 번 촬영해야 하는데 개노가다기 때문에 어쩔 수 없는 부분이 있다. 그래도 두 세 번은 잘라서 평균 내야 하는 거 아닌가 하는 생각은 듬.. 아니면 사진을 찍지 않고 어떻게 염료의 수직 분포를 감지할 수 있는 센서를 이용해서 3차원 영상을 만들거나.. 사실 그렇게 할 재주가 있으면 염료 필요 없고 그냥 수분 분포만 봐도 되겠으니까 전혀 도움 안되는 얘기긴 함;;
여튼 그 뒤에 꼭지에선 bMDS를 좀 더 깊게 설명했고, 뒤에 후베 교수랑 디스커션 한 건 솔직히 거의 못 알아들어서.. 뭐 대충 소일 피직스 자체로 이 연구가 의의가 있냐 그런 얘기였던 듯..
뭐 대충 오늘의 교양은 그 정도. 어제는 도도새 관련 공진화 연구 주제가 에코랩에 떠서 읽고 쓰고 재밌었다. 간단히 아래에 소개
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종자 전파에서 기존에는 이동으로 인한 이득만 봤는데 (이스케이프 베네핏) 척추 동물의 내장을 지나면서 병원균 소독 되고 씨앗 먹는 애들을 유인하는 화학 물질이 씻기는 등의 이유로 인한 이득 (컨디션 베네핏) 이 있고 이게 상당히 큰 영향이 있다는 논문인데 재밌게 읽었습니다. 농사 지을 때도 종자 소독을 하는 데, 생각보다 쉽게 편익을 계산할 수도 있겠군요!
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ele.12134/abstract;jsessionid=1CFB90E2B6EF29B12BC87400E8EB4732.d01t04
When condition trumps location: seed consumption by fruit-eating birds removes pathogens and predator attractants. Evan C. Fricke1,*, Melissa J. Simon1, Karen M. Reagan1, Douglas J. Levey2, Jeffrey A. Riffell1,Tomás A. Carlo1,3, Joshua J. Tewksbury1,†
Article first published online: 21 JUN 2013
DOI: 10.1111/ele.12134
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아래 논문도 같이 보면 흥미유발 효과가 있을지도...
Temple, S.A. 1977. “Plant-animal mutualism: coevolution with dodo leads to near extinction of plant”. Science 197:885-886.
제가 지금 연구실이 아니라 관련된 글만 좀 봤는데 무척 재밌네요!
http://en.wikipedia.org/wiki/Sideroxylon_grandiflorum
도도새 가설이 많이 공격 당하고 무너진다고 해도 동식물 공진의 가치에 대해 시사하는 바가 참 그르네요. 몹귀하신 분들을 위해 간단히 적으면, 도도새가 멸종해서 모리셔스 섬에 있던 나무가 다 죽어가! 열매도 목재도 아주 중요한 자원인데 도도새만 그 씨앗을 전파했기 때문에 지금 망해간다 그런 연구가 1977년에 나오고, 이후에 논쟁이 있었는데 2004년 연구 까지 와서는 나무가 줄어드는 것이 잘 못 카운트 한 부분도 있고, 돼지를 키우면서 줄어든 것도 있고, 종자 전파는 거북이나 칠면조도 좀 하는 것 같다 그런 후속 연구가 나왔는데, 그 연구들 방법론이 제가 위에 소개한 논문과 비슷한 점도 있고요 - 소화 할 때 씨앗이 인택트 하냐 안하냐 조사하는 등.
궁금해 진 김에 펑셔널 디버서티가 언제 부터 나온 건지도 찾아봤는데, 틸만의 1997년 논문이라고 보면, 1977년에는 없었던 개념이라 논의에 한계가 있었다고 보면 공평할 듯 하고요. 생각을 계속 이어가면 이 연구의 역사만 따라가도 현대적인 생태학적 개념 발전의 단면을 보이는 듯 음..
엄청 줄이면
나무 따로 새 따로 - 시스템 이론 이전
도도새가 중요해 - 도도새 없으니 망했어 - 공진
도도새 역할을 다른 동물이 한다면 어때 - 기능적 다양성
도도새도 없고 칠면조도 없고.. 하면 진짜 문제군. - 리질리언스 &
도도 나무와 사람 생활 관계도 보자 - socio-ecosystem
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소개해 주신
소개해 주신
Temple (1977) 그리 길지 않으면서도 상당히 재밌습니다.
http://www.ecologia.unam.mx/laboratorios/comunidades/pdf/pdf%20curso%20posgrado%20Elena/Tema3/mutualismos/Temple1977.pdf